Kamui Shirou retorna à Tóquio pela primeira vez em seis anos. Ao chegar na cidade, ele reencontra seu amigo de infância, Fuuma Monou, e sua irmã mais nova, Kotori. No exato momento em que os três se encontram novamente, a porta do destino se abre. Onde o destino levará Kamui e seus amigos? A última batalha na Terra está prestes a começar…