Um time de basquete do Ensino Fundamental do Colégio Teikou se destacou vencendo diversos campeonatos. Os jogadores titulares daquele time ficaram conhecidos como “A Geração dos Milagres”. Cada um deles foram transferidos para colégios diferentes no Ensino Médio. Entretanto, existia um rumor sobre a existência de um sexto jogador reconhecido pelos outros cinco como uma sombra, o sexto jogador fantasma: Tetsuya Kuroko. Agora no Colégio Seirin, Tetsuya Kuroko se junta a Taiga Kagami e decide fazê-lo o número um do Japão, derrotando cada um dos integrantes da “Geração dos Milagres”.