A grande árvore de Xerneas está para ser roubada! Korrina provocou uma grande explosão para tentar impedir o plano, mas por pouco não conseguiu, custando não só a árvore como também sua Pedra-Chave!! Sentindo-se responsável, Xis acaba se fechando para o mundo mais uma vez…
Enquanto isso, Lysandre, líder do inimigo, consegue garantir ainda mais poder! A Arma Suprema enfim surge nas ruínas da grande tragédia de 3000 anos atrás!!!!