Pouco depois de Segami testemunhar um ataque suicida das Forças de Autodefesa aos alienígenas em um ato desesperado de enfrentamento, ele recebe notícias de sua mãe que o levam a ingressar na batalha.

Seguido pelos Small 3, Segami se junta à organização de insurreição Rebellion e sai à frente de seus amiguinhos para participar da missão Shibuya, liderada pela tropa de guerrilha contra os invasores.

Enquanto isso, Futaba desperta de seu sono a bordo da nave alienígena e se ve cercada por soldados armados que a atacam sem aviso,

forçando-a a finalmente enfrentar a ameaça alienígena.