Punpun Onodera é um garoto normal, que vive feliz com sua família. Um dia, Aiko Tanaka é transferida para a sua escola. Foi paixão à primeira vista!! Voltando juntos para casa, ela conta que no futuro, “a Terra vai se tornar um planeta inabitável”. É nessa hora que Punpun decide ser um cientista espacial. Porém, bem quando encontra seu objetivo na vida, a sua realidade começa a desmoronar. Considerado por muitos como a obra-prima do aclamado Inio Asano, Boa Noite Punpun é um slice of life que trata de temas delicados como solidão, relações familiares conturbadas e depressão.